Научная школа — это реальное (не виртуальное и не распределенное) сообщество в науке, связанное прямыми коммуникационными связями. Основой ее развертывания является исследовательская программа — относительно оригинальная теоретическая или методологическая идея, позволяющая предлагать операциональные правила и схемы построения исследований.
В нашем университете реализовываются 4 школы:
1. Математическое моделирование динамических систем, управление и оптимизация в транспортных системах на основе информационных технологий
2. Проектирование, переоборудование и техническое обслуживание флота
3. Гидродинамика, теория корабля и экологическая безопасность судов
4. Транспортно-технологические системы. Организация перевозок пассажиров и грузов на внутреннем водном транспорте